分子中SSR是啥?

 简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR) 
 
简单重复序（SSR）也称微卫星DNA，其串联重复的核心序列为1一6 bp，其中最常见是双核苷酸重复，即（CA) n和（TG) n每个微卫星DNA的核心序列结构相同，重复单位数目10一60个，其高度多态性主要来源于串联数目的不同。SSR标记的基本原理：根据微卫星序列两端互补序列设计引物，通过PCR反应扩增微卫星片段，由于核心序列串联重复数目不同，因而能够用PCR的方法扩增出不同长度的PCR产物，将扩增产物进行凝胶电泳，根据分离片段的大小决定基因型并计算等位基因频率。在真核生物中，存在许多2-5bp简单重复序列，称为“微卫星DNA”其两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。
 
　　
SSR具有以下一些优点：
（l）一般检测到的是一个单一的多等位基因位点；
⑵微卫星呈共显性遗传，故可鉴别杂合子和纯合子；
⑶所需DNA量少。显然，在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时必须知道重复序列两端的DNA序列的信息。如不能直接从DNA数据库查寻则首先必须对其进行测序。 
 
SSR的分类　　 
根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型： 
　　完全型（perfect）。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如： ATATATATATATATATATATATATATATATATAT 
　　不完全型（imperfect）。指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基，但两端的连续重复核心序列重复数大于3。如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT 
　　复合型（compound）。指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开，但这种连续性的核心序列重复数不少于5。如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 
　　3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。 
 
 
SSR在植物基因组中的分布　　 
SSR广泛分布于各种真核生物的基因组中，大约每隔10～50kb就存在一个SSR。哺乳动物中的SSR的数量大约为植物中的5～6倍。在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；核DNA中的SSR数量多于细胞质DNA中的SSR，绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。 
 
 
 
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